庆应义塾大学病院成立于1920年，至今已经近百年的历史，第一任院长是有着“日本细菌学之父”之称的北里柴三郎。至2016年，庆应义塾大学病院已经发展成拥有1044张病床，年外来患者816.242人(日平均3.057人)，年住院患者291.603人(日平均799人)的大型综合病院，医疗水平连续多年位居日本大型医院前列。

庆应义塾大学病院一直致力于高水平先进医疗，2003年3月在亚洲范围内首次引入了达芬奇机器人用于外科手术;2009年成功进行了世界上首例心脏畸形患儿活体肝移植手术;2013年庆应义塾大学病院的岡野容之教授在听力障碍的白鼠耳内成功地再生了细胞，使白鼠听力恢复了正常。

预防医疗中心

庆应义塾大学医院自2012年8月成立预防医学中心以来，一直致力于延长健康寿命。凭借大学医院积累的丰富经验，尖端的设备和技术，以及高度精准的循证诊断，能够迅速发现哪怕是最轻微的风险，并提供及时的治疗。万一在体检中发现异常情况，需要进行专门治疗，将迅速联合本院专科门诊，让患者及时获得一流的医疗服务。

肿瘤中心

庆应义塾大学病院于2009年成立了肿瘤中心，跨科室地开展器官横贯性癌症治疗。最大的特征在于该中心拥有以研发微创癌症治疗新技术和设备为目的的微创疗法研发部门，并已成功开发了多项新治疗方法和器械，积累了丰富的经验。在消化系统肿瘤的治疗领域，只要没有淋巴结转移，无论肿瘤的大小和位置如何均能用微创手术治疗。

免疫统括医疗中心

治疗对象：各种被列为疑难病症的免疫疾病(溃疡性结肠炎、克罗恩病、类风湿关节炎、系统性红斑狼疮、银屑病、白塞病等)

治疗方法：针对免疫疾病的生物学制剂治疗、白细胞去除术

医学界列为疑难病症的免疫疾病大多病因不详，目前仍在不断探索开发新的治疗方法。近年来，抗TNF-a抗体制剂等生物制剂在免疫疾病的治疗领域正在迅速推广应用，但由于生物制剂治疗的历史尚短，既要取得更好的疗效又要安全用药就需要医生拥有渊博的知识和丰富的临床经验，以及通过跨科室团队进行综合性支援。庆应义塾大学病院免疫统括医疗中心在一个中心横贯治疗各种免疫疾病，共享各种治疗经验，能比一般医院获得更多的信息。从而能得到更有效的治疗，中心对各种医学界列为疑难杂症的免疫疾病的治疗成绩居世界前列。

此外，庆应义塾大学病院免疫统括医疗中心还对传统的药物疗法不见疗效的溃疡性结肠炎和类风湿关节炎患者的采用白细胞去除术治疗。这是正在引起医学界广泛关注的一种新的治疗方法，从患者左侧或右侧的上臂或大腿等处的静脉将血液取出体外，通过滤器去除与炎症有关的活化的白细胞后，将净化的血液再回输患者体内。这一疗法不使用药物，副作用少，在日本的医疗机构已经进入临床应用阶段，在该中心也早就积极采用。